運動会は、吉祥祭に引き続いてその翌週、９月下旬に開催されます。得点競技では中学１年生から高校３年生まで全６学年の各クラスが、桃、黄、青、緑の４色に分かれ、勝敗を競います。このほかにもクラブ対抗リレーや、ダンスクラブの演技、吹奏楽部のドリル演奏、各色有志の応援団によるパフォーマンスなども繰り広げられます。そして、高校３年生全員による「高３表現」が大きなクライマックスになります。高校３年生のダンス委員が曲目や演技の構成を考え、体育のダンスの授業では振り付け等を各クラスのメンバーに教えるなど、準備を重ねてきました。そして、学年のメンバー全員が練習を重ね、二百数十人のハーモニーをこの瞬間にこの場所で表現します。
運動会の運営は体育部、生活部、放送部など多くの生徒組織によって支えられています。体育部員は、１学期の段階から各種目のメンバー表を集約し、プログラムを作成。当日は招集、誘導などさまざまに活躍します。各運動クラブに所属する生徒も、用具の管理、審判補助等の運営に携わります。競技、演技をする側、運営をする側、すべての生徒が入り混じって輝いているのが吉祥の運動会です。